Terza ed ultima occupazione francese, dal 19 maggio 1809 al 2 novembre 1813.

Dopo la disfatta di Auterliz l'impero austriaco tenta nuovamente di contrastare il dilagante potere napoleonico in Europa. Nel 1809 una cosidetta Quinta Coalizione viene formata da Austria ed Inghilterra contro l'impero francese e la Baviera.

Molti scontri tra Francia ed Austria, i principali partecipanti, distribuiti per lo più in Europa centrale da aprile e luglio, con un alto numero di vittime. Dopo diverse e svariate campagne in Baviera e nella valle del Danubio la guerra si conclude con la vittoria dei francesi nella sanguinosa battaglia di Wagram (oggi Deutsch-Wagram, in Austria, a nordest di Vienna) all'inizio di luglio.

Il risultante trattato di Schönbrunn è il più duro mai imposto all'Austria. Metternich e l'arciduca Carlo puntano ed ottengono a preservare l'impero asburgico, loro principale obiettivo. Tuttavia, mentre la più parte dei territori ereditari degli Asburgo rimane integra, la Francia ottiene la Carinzia, la Carniola ed i porti adriatici, mentre la Galizia viene ceduta alla Polonia e il salisburghese viene annesso alla Baviera. L'Austria perde tre milioni di sudditi, quasi un quinto della popolazione totale dell'impero.

Verso la fine della campagna, il 17 maggio 1809 l'esercito francese, al comando del generale Schilt entra a Trieste e requisisce naviglio e mercanzia inglese in porto. Il 25 la città è ufficialmente dichiarata sotto il governo francese.

L'amministrazione è affidata al commissario Joubert che, per ordine di Napoleone, chiede una tassa di 50 milioni di Franchi (!). Dopo molta resistenze, negoziazioni e suppliche, i 50 milioni diventano 12,5 con pagamento a rate.

Il 6 luglio una milizia composta da volontari e da contadini cercano di liberare la città con l'appoggio di una cannoniera inglese ma purtroppo ... senza altro esito che una cinquantina tra morti e feriti.

Questa è anche la giornata della battaglia di Wagram ... ed alla città viene imposta un'altra taglia di due milioni e mezzo di franchi.

Il 14 ottobre il trattato di Schönbrunn sancisce la cessione alla Francia di tutti i territori adriatici, compresa Trieste. Undici "Provincie Illiriche" vengono istituite sotto il governo del Maresciallo Auguste Frédéric Louis Viesse de Marmont, primo duca di Ragusa:

• Adelsberg (Postumia) : Adelsberg (Postumia)
• Bouches-du-Cattaro (Bocche di Cattaro) : Cattaro
• Croatie (Croazia) : Karlstadt (Karlovac)
• Dalmatie (Dalmazia) : Zara
• Fiume : Fiume
• Gorice (Gorizia) : Gorizia
• Laybach : Laybach (Ljubljana)
• Neustadt : Neustadt (Novo Mesto)
• Raguse (Ragusa) : Ragusa
• Trieste : Trieste
• Willach : Willach (Villach)

Con decreto datato 14 luglio 1810 Marmont riorganizza il sistema scolastico in primario (elementari) e secondario (ginnasi e licei). Ogni paese deve avere una scuola elementare, ogni comune un ginnasio ed ogni provincia un liceo. Trieste avrà quattro scuole elementari, un Ginnasio ed un Liceo.

Il 24 novembre 1810 il Porto Franco di Trieste viene abolito, e sostituito da un Deposito Reale.

Le fortune di Napoleone sono tuttavia al tramonto. ll 24 giugno 1812 attraversa il fiume russo Neman con 500.000 soldati ... per ritornare indietro il 10 dicembre con meno di 37.000.

In agosto 1813 l'Austria, assieme alla Sesta Coalizione, dichiara nuovamente guerra alla Francia. Le truppe austriache, comandate dal generale Franz Tomassich invade le Provincie Illiriche. Le truppe croate arruolate nell'esercito francese cambiano bandiera. Zara si arrende alle forze austriache dopo 34 giorni di assedio il 6 dicembre 1813. A Dubrovnik una insurrezione espelle i francesi, sostituiti da una amministrazione ragusea provvisoria, nella speranza di una restaurazione della epubblica. Viene poi occupata dalle truppe austriache il 20 settembre 1813.

Il 2 novembre 1813 Trieste, dopo un'accanita resistenza delle truppe francesi asserragliate nel castello di San Giusto contro l'esercito austriaco supportato da un pesante bombardamento da parte della flotta inglese ... si arrende e si ricongiunge all'impero austriaco.

Le tracce di quel bombardamento sono ancora visibili su alcuni edifici della città.